Khi Tần Thủy Hoàng mới thống nhất thiên hạ, đóng đô tại kinh thành Hàm Dương, một thầy phong thủy đã từng bày tỏ lo ngại về vương khí của một vùng đất nhỏ ở phía nam của Đế quốc Đại Tần. Vùng đất này chính là Nam Kinh ngày nay. Lo sợ vương khí trên sẽ hun đúc một vị hoàng đế khác để soán ngôi mình, Tần Thủy Hoàng đã theo lời tên thầy phong thủy nọ mà phá núi, chôn vàng và cúng tế hàng tháng trời để dập tắt luồng dương khí nọ. Chính vì chuyện chôn vàng phá núi này mà người ta đặt tên cho thành ở đây cái tên dân gian là "Kim Lăng" - Jinling hay mộ vàng. Kim Lăng còn có cái tên động trời khác là "Mạt Lăng" vì những hành động của Tần Thủy Hoàng đã tàn phá phong thủy vùng đất này một cách nghiêm trọng.

Oái oăm thay, chính con trai Tần Thủy Hoàng là Doanh Phù Tô lại là vị vương tử đóng giữ thành. Chính vì hành động ngông cuồng của Tần Thủy Hoàng mà con trai ông đã phải chịu cái chết oan ức. "Mạt Lăng Hầu" Doanh Phù Tô đã chết vì bị Triệu Cao, viên thái giám tín cẩn của Tần Thủy Hoàng và em trai ông hại chết.

Kim Lăng đã là một trong những chiến trường đẫm máu nhất trong chiến tranh Hán Sở, khi mà hai quân đều cố giành cho bằng được vị trí chiến lược quan trọng này.

Dưới thời Tây Tấn, Kim Lăng có cái tên chính thức là "Kiến Khang" - "Jiankang". Khi Tây Tấn sụp đổ vì loạn Ngũ Hồ, Lang Nha vương đã trung hưng cơ nghiệp tại đất Kiến Khang, định đô tại đây. Trong suốt thời kỳ Đông Tấn đối địch Ngũ Hồ và Nam Bắc triều, Kiến Khang hay Kim Lăng liên tục là kinh sư của các triều đình phía nam. Cho đến khi Đại Tùy cất quân đánh Trần, Kiến Khang vẫn còn là kinh đô.

Xuyên suốt từ thời Tùy mạt Đường sơ cho đến khi Đại Đường cực thịnh, Kim Lăng đã dần dà trở thành trung tâm kinh tế của Giang Nam. Do sông Dương Tử nối liền ra biển, các thương nhân nước ngoài có thể dễ dàng tiếp cận nền kinh tế màu mỡ của nơi này. Dẫu cho cả nước có bị biến động như thế nào đi chăng nữa thì nền kinh tế của Kim Lăng vẫn ít khi bị ảnh hưởng - thậm chí là không bao giờ.

Khi Đường mạt, Ngũ Đại Thập Quốc tranh giành thiên hạ, một người Sa Đà họ Lý đã nhân cơ hội gầy dựng thế lực chiếm đóng Kim Lăng, dựng nên Nam Đường, một trong những "thập quốc" có thực lực lớn mạnh nhất. Kim Lăng đã là kinh sư của Nam Đường suốt thời Ngũ Đại Thập quốc cho đến khi Bắc Tống thu phục Nam Đường. Tào Bân lúc bấy giờ khi vào thành đã ra lệnh cấm chém giết hay cướp của bừa bãi trong thành, tích cực thu phục lòng dân ở khu vực này. Kim Lăng lấy lại tên cũ "Kiến Khang" và tiếp tục là trung tâm kinh tế của Đại Tống trong vòng 300 năm nữa.

Khi Sự kiện Tĩnh Khang khiến Bắc Tống diệt vong, Khang Vương Triệu Cấu đã chạy xuống Quy Đức đăng cơ rồi nhanh chóng tiến xuống Kiến Khang định đô. Khi quân Kim tiến xuống phía nam, tướng Đỗ Sung, một thuộc hạ của cố nguyên soái Tông Trạch đã dâng thành cho Hoàn Nhan Tông Bật làm quà xin hàng. Mất Kiến Khang đã khiến cho bộ tướng của Nhạc Phi bị chao đảo và khốn đốn, quân Tống cũng mất đi thành trì vững vàng nhất Giang Nam.

Tuy nhiên, vào năm Kiến Viêm thứ 4 thời Tống Cao Tông, Nhạc gia quân cùng Hàn gia quân hai ngã thủy lục tiến đánh giành lại hết đất Giang Nam từ tay quân Kim. Nhưng do lo sợ khí thế của quân Kim mà kể từ đây, nhà Tống không dám định đô ở Kim Lăng mà lại đóng ở Lâm An.

Khi quân Nguyên đánh Nam Tống, Tương Dương thành thất thủ thì Kiến Khang cũng theo tay quân Nguyên và mang tên mới là Tập Khánh. Nhà Nguyên cai trị không màng quan tâm tới phía Nam nên kinh tế dần kiệt quệ. Kim Lăng đã gần như hoang tàn mất đi phong độ đặc khu kinh tế của Giang Nam ngày nào.

Cuối đời Nhà Nguyên, Kim Lăng trở thành căn cứ địa mới của Chu Nguyên Chương, thế lực quân phiệt lớn mạnh nhất thời kì đó, sau khi triều Minh được thành lập thì Kim Lăng được đổi tên mới là Nam Kinh và trở thành kinh đô của nhà Minh trong suốt thời gian trị vì của Thái Tổ Hồng Vũ đế Chu Nguyên Chương cũng như là cháu trai ông ta là Huệ đế Chu Doãn Văn. Sau sự kiện Tĩnh Nan chi biến thì Vĩnh Lạc đế quyết định dời đô về Bắc Bình (tức Bắc Kinh) nhưng Nam Kinh vẫn giữ được vị thế thủ phủ kinh tế, chính trị quan trọng của vùng Giang Nam trong suốt thời Nhà Minh.

Vào Nhà Thanh, Nam Kinh trở thành căn cứ của cuộc khởi nghĩa Thái Bình Thiên quốc do Hồng Tú Toàn lãnh đạo và mang tên gọi là Thiên Kinh.

Mặc dù là “nơi ở của bậc đế vương”, nhưng thực tế lại rất kỳ lạ, hầu hết các vương triều chọn Nam Kinh làm kinh đô đều rơi vào kết cục “đoản mệnh”. Sau khi Tôn Quyền chọn Nam Kinh làm kinh đô của Đông Ngô thì triều đình chỉ tồn tại được 59 năm (từ năm 220 tới năm 280) thì bị nhà Tây Tấn tiêu diệt. Sau Đông Ngô, các triều đại tiếp theo lựa chọn Nam Kinh làm kinh đô cũng đều rơi vào cảnh “đoản mệnh” như vậy (Đông Tấn, Lưu Tống, Nam Tề, Lương...). 10 vương triều chọn Nam Kinh làm kinh đô thì có tới 9 vương triều “đoản mệnh”, nhiều nhất là Đông Tấn chỉ tồn tại 104 năm, có vương triều như Thái Bình Thiên quốc chỉ tồn tại vỏn vẹn 12 năm. Chỉ duy nhất có nhà Minh tồn tại được 277 năm, nhưng thực ra giai đoạn đóng đô ở Nam Kinh chỉ dài 34 năm rồi vua nhà Minh bị lật đổ trong Loạn Tĩnh Nan, triều Minh sau đó cho dời đô tới Bắc Kinh. Sau này, triều Nam Minh lại chọn Nam Kinh làm kinh đô, và chỉ được 17 năm là bị diệt vong.

Đến thời chính quyền Trung Hoa Dân Quốc (1912–1949), Nam Kinh trở thành nơi đặt bộ máy chính quyền trung ương của nước Trung Hoa Dân Quốc. Khi Trung Hoa dân quốc khi quyết định chọn Nam Kinh làm thủ đô cũng đã gây ra nhiều tranh cãi trong bộ phận lãnh đạo, vì triều đại nào định đô ở Nam Kinh cũng "đoản mệnh". Ngày 14/12/1912, Tham nghị viện lâm thời của Trung Hoa dân quốc đã tổ chức một buổi họp để quyết định việc chọn lựa thủ đô. Kết quả bỏ phiếu khiến Tôn Trung Sơn, người đã nhắm đất Nam Kinh từ trước vô cùng bất ngờ: Có tới 20 phiếu bỏ cho Bắc Kinh, trong khi đó Nam Kinh chỉ được 5/28 phiếu bầu. Vì đã có ý định chọn Nam Kinh làm thủ đô nên kết quả này khiến Tôn Trung Sơn tức giận. Với tư cách là Tổng thống lâm thời của chính phủ Trung Hoa dân quốc, Tôn Trung Sơn quyết định ngày hôm sau sẽ tiến hành bỏ phiếu lại, nhất định muốn lựa chọn Nam Kinh. Hoàng Hưng phối hợp với Tôn Trung Sơn uy hiếp các thành viên của Tham nghị viện nói: “Nếu như ngày mai không thực hiện theo ý của tiên sinh (Tôn Trung Sơn), tôi lập tức phái quân bắt các nghị viên nhốt lại”. Dưới sự uy hiếp, 27 người tham gia cuộc họp ngày hôm sau đã thay đổi thái độ: Nam Kinh được 19/27 phiếu, Bắc Kinh chỉ còn 6 phiếu. Việc Nam Kinh được lựa chọn làm thủ đô của Trung Hoa dân quốc chính thức được thông qua.

Rốt cục thì Trung Hoa Dân Quốc lại cũng "đoản mệnh", chỉ tồn tại được 37 năm. Năm 1949, Trung Hoa Dân Quốc sụp đổ (chỉ còn một số tàn dư chạy ra đảo Đài Loan). Nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa do chủ tịch Mao Trạch Đông thành lập quyết định chọn Bắc kinh là thủ đô của Trung Quốc cho tới ngày nay.